La configuration d'un projet Webpub se fait à l'aide de fichiers de configuration au format JSON. En voici un exemple.
[
    {
        "src": "_index",
        "dst": "../../www.tolokoban.org",
        "dir": [
            {
                "filter": "\\.html$",
                "action": "Html",
                "head": "head.inc",
                "foot": "foot.inc"
            }
        ]
    },
    {
        "src": "Documentations/Emacs",
        "dst": "../../www.tolokoban.org/Documentations/Emacs",
        "dir": [
            {
                "filter": "\\.html$",
                "action": "Html",
                "head": "../head.inc",
                "foot": "../foot.inc"
            }
        ]
    }
]
On peut spécifier un ou plusieurs projets au sein du même fichier. Ici, on en a deux. Si on ne veut en utiliser qu'un, il n'est pas nécessaire d'en faire une liste (c'est-à-dire que l'on peut se passet de l'écriture avec les crochets).
Chaque projet est décrit par 3 champs :
Webpub 3
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12 janvier 2013
Sommaire général